합병 후 세액공제 승계 관련 대법원 판례, 계산 방법이 관건, 고용창출투자세액공제 이월공제 승계여부!!
기업 합병은 단순히 두 회사가 하나로 합쳐지는 것이 아닙니다. 세법상으로는 피합병법인의 각종 세제혜택을 합병법인이 어떻게 승계받을 수 있는지, 그리고 그 범위는 어디까지인지가 중요한 쟁점이 됩니다. 특히 고용창출투자세액공제와 같이 고용 유지를 전제로 한 세제혜택의 경우, 합병 전후 상시근로자 수를 어떻게 계산할 것인지가 핵심입니다.
2025년 11월 6일 대법원은 적격합병 시 피합병법인의 고용창출투자세액공제 이월공제액을 합병법인이 승계할 수 있는지, 그리고 이월공제 가능 범위를 계산할 때 ‘승계한 상시근로자 수’를 어떻게 산정해야 하는지에 대해 중요한 법리를 제시했습니다. 이 판결은 향후 기업 합병 시 세액공제 승계 실무에 큰 영향을 미칠 것으로 보입니다.
1. 적격합병 시 고용창출투자세액공제 사례 사실관계 요약
원고의 설립 및 합병
원고(주식회사 ○○○, 변경 전: △△△ 주식회사)는 2015년 5월 19일 기업인수 목적으로 ‘□□□ 주식회사’라는 상호로 설립되었습니다. 원고는 2016년 9월 21일 합병 전 △△△ 주식회사(이하 ‘이 사건 피합병법인’)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’)한 후, 같은 날 상호를 피합병법인의 상호인 ‘△△△ 주식회사’로 변경하고, 사업목적을 식품 프랜차이즈사업 등으로 변경했습니다.
이 사건 합병은 구 법인세법 제44조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 적격합병에 해당합니다(법인세법 제44조 제2항, 법인세법 시행령 제80조의2).
피합병법인의 투자 및 세액공제
이 사건 피합병법인은 이 사건 합병 전에 11,810,645,680원(이하 ‘이 사건 투자금액’)을 투자하여 충북 진천에 창고시설을 신축했습니다.
이 사건 피합병법인은 이 사건 합병등기일까지의 2016 의제사업연도(2016년 1월 1일부터 2016년 9월 21일까지)에 대한 법인세를 신고하면서 이 사건 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(이하 ‘구 조특법’) 제26조 제1항에 따라 고용창출투자세액공제를 적용했습니다(조세특례제한법 제26조 제1항).
그런데 구 조세특례제한법 시행령(이하 ‘구 조특법 시행령’) 제23조 제13항 제3호를 적용할 경우 해당 사업연도 상시근로자 수의 증가인원이 0명으로 산출되어, 추가공제 없이 기본공제 금액만을 적용했습니다. 이처럼 세액공제가 이루어지지 않은 추가공제와 관련하여 구 조특법 제144조 제3항에 따라 이 사건 피합병법인에 대하여 이월 가능한 고용창출투자세액공제 금액은 697,455,140원(이하 ‘이 사건 추가공제금액’)입니다(조세특례제한법 제144조 제3항).
원고의 세액공제 신고
원고는 2016, 2017 각 사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 투자금액에 대하여 이 사건 추가공제금액을 승계하여 이월공제하는 것으로 하여, 2016 사업연도에 414,900,000원, 2017 사업연도에 282,555,140원을 각 공제했습니다.
원고는 위와 같이 이월공제되는 금액을 계산하는 과정에서, 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목에 따라 합병법인으로서 ‘승계한 상시근로자 수’를, 합병등기일을 기준으로 이 사건 피합병법인으로부터 실제 승계한 총 인원 수가 아니라, 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수를 전제로 삼았습니다.
과세관청의 처분
서울지방국세청장은 피고(강동세무서장)에 대한 종합감사에서 고용창출투자세액공제의 추가공제분은 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호에 따라 합병법인이 승계하여 이월공제할 수 있는 세액공제에 해당하지 않는다고 판단했습니다(법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호).
피고는 이에 따라 2018년 10월 24일 이 사건 추가공제금액을 부인하여 원고에게 2016 사업연도 법인세 476,677,840원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 374,688,890원(가산세 포함)을 각 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’)했습니다.
2. 적격합병 시 고용창출투자세액공제 사례 쟁점 정리
이 사건의 핵심 쟁점은 다음 두 가지입니다:
가. 적격합병 시 고용창출투자세액공제 이월공제액의 승계 가능 여부
적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 고용창출투자세액공제 추가공제 금액의 이월공제를 승계할 수 있는지 여부가 첫 번째 쟁점입니다.
피고는 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호가 합병법인이 승계할 수 있는 세액공제를 한정적으로 열거하고 있으므로, 고용창출투자세액공제의 추가공제분은 승계 대상이 아니라고 주장했습니다(법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호).
반면 원고는 구 법인세법 제44조의3 제2항 및 제80조의4 제2항에 따라 적격합병 시 피합병법인의 감면 또는 세액공제를 승계할 수 있고, 구 조특법 및 그 시행령에 규정된 요건을 충족하는 한 이 사건 추가공제금액도 승계 가능하다고 주장했습니다(법인세법 제44조의3 제2항, 법인세법 시행령 제80조의4 제2항).
나. 이월공제 가능 범위 계산 시 ‘승계한 상시근로자 수’의 의미
이월공제 가능 범위를 계산할 때 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목(이하 ‘이 사건 조항’)에서 말하는 ‘승계한 상시근로자 수’를 어떻게 산정해야 하는지가 두 번째 쟁점입니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목).
원심은 ‘승계한 상시근로자 수’는 합병등기일 당시를 기준으로 이 사건 피합병법인으로부터 원고가 실제 승계한 상시근로자 수를 의미한다고 판단했습니다.
반면 원고는 ‘승계한 상시근로자 수’는 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체를 의미하고, 이를 토대로 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식을 적용하여 상시근로자 수를 산정해야 한다고 주장했습니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제11항 제1호).
3. 적격합병 시 고용창출투자세액공제 사례 대법원의 판시 내용
가. 적격합병 시 세액공제 승계에 관한 법리
대법원은 먼저 적격합병 시 세액공제 승계에 관한 법리를 다음과 같이 정리했습니다:
1) 구 법인세법의 규정
구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, 피합병법인의 합병등기일 현재의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있습니다(법인세법 제44조의3 제2항).
그리고 같은 법 제59조 제1항 제3호는 ‘이월공제가 인정되는 세액공제’를 구 법인세법 및 다른 법률을 적용할 때의 세액공제 중 하나로 정하고 있습니다(법인세법 제59조 제1항 제3호).
나아가 앞서 본 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 합병법인은 피합병법인이 합병 전에 적용받던 구 법인세법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 적용받을 수 있되, 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 구 법인세법 또는 다른 법률에 있는 때에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다고 정하고 있습니다(법인세법 시행령 제80조의4 제2항).
2) 구 법인세법 시행령 제81조 제3항의 성격
한편 구 법인세법 제45조 제4항은 같은 법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다고 규정하고 있습니다(법인세법 제45조 제4항).
이와 같은 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제81조 제3항은, 합병법인은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다고 규정하면서, 그 제2호에서 구 법인세법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제 중 이월된 외국납부세액공제 미공제액(가목), 구 조특법 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 구 조특법 제144조에 따라 이월된 미공제액(나목), 그 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액 중 구 조특법 제144조에 따라 이월된 미공제액(다목)을 각 들면서, 각 목별로 공제액의 계산방법 및 공제가 허용되는 범위 및 한계에 대해 정하고 있습니다(법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호).
3) 대법원의 해석
대법원은 “위와 같은 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호 각 목에 관련된 수권규정의 성격과 내용, 수권의 범위와 조문 체계 등에 비추어 볼 때, 위 각 목의 규정은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계함에 따라, 각 사업연도 소득금액 및 법인세액을 계산할 때 구체적인 감면 또는 공제의 적용 방법 및 공제의 한도 등을 정하고 있다고 보아야 한다”고 판시했습니다.
나아가 “이와 달리 위 각 목의 규정이 적격합병 시 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계하는 것 자체를 제한하기 위한 요건을 추가로 설정한 것으로 볼 수는 없다”고 명확히 했습니다.
또한 “앞서 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항에서 본 것처럼 감면 또는 세액공제의 요건이 다른 법률에 별도로 마련될 수 있음이 명시되고 있으므로, 위 각 목 규정의 존재로 말미암아 법인세법령 외의 다른 법령에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 구체적인 방법 및 공제 등 범위를 정하는 것이 금지되거나 원천적으로 차단되는 것도 아니다”고 판시했습니다.
대법원은 “이러한 연유로 적격합병 시 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받는 고용창출투자세액공제 금액의 이월공제와 관련하여, 구 조특법 제26조 및 제144조, 구 조특법 시행령 제23조 및 제136조의2 등에서 그 구체적인 적용 방법 등에 대해 별도로 규정하고 있기도 하다”고 덧붙였습니다(조세특례제한법 제26조, 제144조, 조세특례제한법 시행령 제23조, 제136조의2).
4) 결론
대법원은 원심이 “구 조특법 및 그 시행령에 규정된 추가공제 및 이월공제의 요건을 충족하는 한, 이 사건 합병을 계기로 이 사건 피합병법인이 합병 전까지 공제받지 못하고 이월된 이 사건 추가공제금액을 승계할 수 있다”고 판단한 것에 대해, “원심의 판단에 피고의 상고이유 주장과 같이 적격합병 시 세액공제 승계에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다”고 판시하며 피고의 상고를 기각했습니다.
나. 이월공제 가능 범위 계산 시 ‘승계한 상시근로자 수’의 의미
1) 관련 규정
구 조특법 제144조 제3항은, 고용창출투자세액공제의 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 경우, 그 상시근로자 수를 기초로 계산된 금액을 한도로 하여 이월된 세액공제액을 적용할 수 있도록 규정하고 있습니다(조세특례제한법 제144조 제3항).
그리고 이때의 상시근로자 수 계산방법에 관하여는 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식에서 ‘상시근로자 수’를 ‘해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수’로 산출하도록 정하고 있습니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제11항 제1호).
또한 이 사건 조항(구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목)은 합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우에 관하여, 승계시킨 기업(피합병법인)의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시킨 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 하도록 규정하고, 아울러 승계한 기업(합병법인)의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산하도록 규정하고 있습니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목).
2) 원심의 판단
원심은, 이 사건 조항에서 피합병법인과 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수를 계산할 때 빼거나 더하도록 한 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’는 특정한 시점인 합병등기일에 실제 승계시키거나 승계한 상시근로자 수 자체를 의미한다고 보았습니다.
원심은 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식은 증감 변동되는 상시근로자 수를 위와 같은 특정 시점이 아니라 과세연도라는 일정한 기간을 가지고 월별 평균하는 방식으로 되어 있으므로, 합병과 관련해서 피합병법인과 합병법인의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산하는 과정에서 빼거나 더하도록 한 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’를 산정하는 국면에서는 위 계산식을 적용할 수 없다고 판단했습니다.
3) 대법원의 판단
대법원은 “이 사건 조항에서의 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’는 직전 과세연도와 해당 과세연도의 두 가지 모두 합병등기일이라는 특정한 날짜를 기준으로 실제 승계시키거나 승계한 상시근로자 수가 아니라, 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식 가운데 나타난 바와 같이, 위 각 과세연도 동안 피합병법인의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체를 의미한다고 봄이 타당하다”고 판시했습니다.
나아가 “이를 토대로 위 계산식을 적용하여 도출된 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 각 ‘상시근로자 수’를 전제로 하여 구 조특법 제144조 제3항이 정한 바에 따라 합병법인의 해당 과세연도의 ‘상시근로자 수’가 직전 과세연도의 ‘상시근로자 수’를 초과하는지 여부를 살펴야 한다”고 명확히 했습니다.
대법원은 그 구체적인 이유를 다음과 같이 설시했습니다:
가) 조세법률주의 원칙
“조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다”(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결).
나) 이 사건 조항의 취지
“이 사건 조항은, 합병 시 상시근로자 수를 계산함에 있어 피합병법인과 합병법인을 통합된 하나의 단위로 보아, 합병 전 법인들의 상시근로자 수와 합병 후 하나가 된 법인의 상시근로자 수 사이에 차이가 없도록 하는 데에 그 취지가 있다. 그렇다면, 이 사건 조항을 적용하는 과정에서 합병에 따른 상시근로자 수를 구체적으로 계산할 때에도 위와 같은 취지에 부합하도록 피합병법인과 합병법인을 통합하여 하나의 법인인 것처럼 취급하여야 한다.”
다) 이 사건 조항의 문언 해석
“이 사건 조항은, 합병으로 인해 피합병법인의 종전 사업부문에 종사하던 상시근로자가 합병법인에 승계되는 경우, 피합병법인과 합병법인의 각 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 상시근로자 수의 계산 방식을 규정하면서, 각각의 ‘과세연도 상시근로자 수’에 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’를 빼거나 더한 수로 계산하도록 정하고 있을 뿐, 합병등기일을 기준으로 삼도록 명시하고 있지 않다.”
“피합병법인과 합병법인이 마치 합병 이전부터 하나의 법인이었던 것처럼 해당 사업부문 전체가 그대로 이어진다고 바라보는 관점에서, 여기서의 ‘승계’ 상시근로자 수는 직전 과세연도 및 해당 과세연도에 걸친 해당 사업부문의 월별 상시근로자 수를 의미한다고 보아야 한다. 이를 전제로 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호에 따라 위 각 과세연도의 매월 말 상시근로자 수의 합을 각각의 해당 과세연도의 개월 수로 나누어 계산한 수를 ‘상시근로자 수’로 하는 계산식이 피합병법인과 합병법인별로 과세연도마다 적용되어야 한다.”
4) 결론
대법원은 “그런데도 이와 달리 원심은, 이 사건 조항에 따라 합병법인인 원고의 직전 과세연도(2015년)와 해당 과세연도(2016년)의 각 상시근로자 수를 계산하는 과정에서, 원고가 ‘승계한 상시근로자 수’는 합병등기일 당시 이 사건 피합병법인으로부터 실제 승계한 상시근로자 수를 의미한다고 판단하였다. 이러한 원심 판단에는 적격합병 시 고용창출투자세액공제 금액의 이월공제 관련 이 사건 조항의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다”고 판시하며 원심을 파기환송했습니다.
4. 핵심 포인트 정리
가. 적격합병 시 고용창출투자세액공제 이월공제액 승계 가능
대법원은 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호 각 목의 규정은 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계함에 따라, 각 사업연도 소득금액 및 법인세액을 계산할 때 구체적인 감면 또는 공제의 적용 방법 및 공제의 한도 등을 정한 것이라고 명확히 했습니다(법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호).
따라서 위 각 목의 규정이 적격합병 시 합병법인이 피합병법인으로부터 감면 또는 세액공제를 승계하는 것 자체를 제한하기 위한 요건을 추가로 설정한 것으로 볼 수는 없습니다.
나아가 법인세법령 외의 다른 법령(구 조특법 및 그 시행령)에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 구체적인 방법 및 공제 등 범위를 정하는 것이 금지되거나 원천적으로 차단되는 것도 아닙니다(조세특례제한법 제26조, 제144조, 조세특례제한법 시행령 제23조, 제136조의2).
나. ‘승계한 상시근로자 수’는 매월 말 현재 상시근로자 수 자체
대법원은 이 사건 조항에서의 ‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’는 합병등기일이라는 특정한 날짜를 기준으로 실제 승계시키거나 승계한 상시근로자 수가 아니라, 위 각 과세연도 동안 피합병법인의 매월 말 현재 상시근로자 수 자체를 의미한다고 판시했습니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목).
이는 합병 시 상시근로자 수를 계산함에 있어 피합병법인과 합병법인을 통합된 하나의 단위로 보아, 합병 전 법인들의 상시근로자 수와 합병 후 하나가 된 법인의 상시근로자 수 사이에 차이가 없도록 하려는 이 사건 조항의 취지에 부합하는 해석입니다.
다. 계산식 적용 방법
구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식(상시근로자 수 = 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수)을 적용하여 도출된 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 각 ‘상시근로자 수’를 전제로 하여 구 조특법 제144조 제3항이 정한 바에 따라 합병법인의 해당 과세연도의 ‘상시근로자 수’가 직전 과세연도의 ‘상시근로자 수’를 초과하는지 여부를 살펴야 합니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제11항 제1호, 조세특례제한법 제144조 제3항).
라. 실무상 유의사항
합병을 계획하는 기업 입장: 적격합병 시 피합병법인의 고용창출투자세액공제 이월공제액을 승계할 수 있으므로, 합병 전 피합병법인의 이월공제 가능 금액을 면밀히 검토해야 합니다. 특히 이월공제 가능 범위를 계산할 때는 합병등기일 당시 실제 승계한 인원이 아니라, 피합병법인의 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수를 기준으로 계산해야 합니다(법인세법 제44조의3 제2항, 법인세법 시행령 제80조의4 제2항, 조세특례제한법 제26조, 제144조).
세무 신고 시: 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 고용창출투자세액공제 이월공제액을 신고할 때는, 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목 및 제11항 제1호의 계산식을 정확히 적용하여 상시근로자 수를 산정해야 합니다. 단순히 합병등기일 당시 실제 승계한 인원을 기준으로 계산하면 과소 신고가 될 수 있습니다(조세특례제한법 시행령 제23조 제11항 제1호, 제13항 제3호 가목).
과세관청 입장: 적격합병 시 고용창출투자세액공제 이월공제액의 승계 자체는 허용되므로, 단순히 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호에 열거되지 않았다는 이유만으로 승계를 부인할 수 없습니다. 다만 이월공제 가능 범위를 계산할 때는 이 사건 조항의 취지에 맞게 상시근로자 수가 정확히 산정되었는지 검토해야 합니다(법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호, 조세특례제한법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목).
이 판결은 적격합병 시 피합병법인의 고용창출투자세액공제 이월공제액을 합병법인이 승계할 수 있다는 점을 명확히 하면서도, 그 구체적인 계산 방법에 대해서는 엄격한 기준을 제시했습니다.
특히 대법원은 합병 시 상시근로자 수를 계산함에 있어 피합병법인과 합병법인을 통합된 하나의 단위로 보아야 한다는 이 사건 조항의 취지를 강조했습니다. 이는 합병이 단순히 법인격의 변경일 뿐 사업의 실질은 계속된다는 적격합병의 기본 취지와도 일맥상통합니다(법인세법 제44조의3 제2항).
이 판결의 의의는 다음과 같습니다:
첫째, 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호가 승계 가능한 세액공제를 한정적으로 열거한 것처럼 보이지만, 이는 승계 자체를 제한하는 것이 아니라 승계 후 적용 방법을 정한 것임을 명확히 했습니다. 따라서 다른 법령(조세특례제한법 등)에서 별도로 승계 방법을 정하고 있다면 그에 따라 승계가 가능합니다(법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호, 조세특례제한법 제26조, 제144조, 조세특례제한법 시행령 제23조, 제136조의2).
둘째, 합병 시 상시근로자 수 계산은 특정 시점(합병등기일)이 아니라 과세연도 전체를 기준으로 해야 한다는 점을 분명히 했습니다. 이는 고용 유지를 장려하려는 고용창출투자세액공제 제도의 취지에도 부합합니다(조세특례제한법 제26조, 제144조, 조세특례제한법 시행령 제23조 제11항 제1호, 제13항 제3호 가목).
셋째, 조세법규의 해석에 있어 법문의 문언뿐만 아니라 입법 취지와 목적을 고려한 합목적적 해석이 필요하다는 점을 재확인했습니다. 다만 이러한 해석은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서만 허용됩니다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결).
향후 기업들이 합병을 추진할 때는 이 판결의 법리를 면밀히 검토하여, 피합병법인의 세제혜택을 최대한 승계받을 수 있도록 준비해야 할 것입니다. 특히 고용창출투자세액공제와 같이 고용 유지를 전제로 한 세제혜택의 경우, 합병 전후 상시근로자 수의 변동을 정확히 파악하고 관리하는 것이 중요합니다.
또한 세무 신고 시에는 단순히 합병등기일 당시 실제 승계한 인원만을 고려할 것이 아니라, 피합병법인의 직전 과세연도 및 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수를 정확히 산정하여 이월공제 가능 범위를 계산해야 합니다. 이를 간과하면 과소 신고로 인해 세제혜택을 충분히 받지 못하거나, 반대로 과다 신고로 인해 추후 세무조사에서 불이익을 받을 수 있습니다.
이 판결은 적격합병 시 세제혜택 승계에 관한 중요한 선례로, 향후 유사한 사건에서 기준이 될 것으로 보입니다. 합병을 계획하는 기업들은 이 판결의 법리를 충분히 이해하고, 필요시 세무 전문가의 조언을 받아 정확한 세무 처리를 해야 할 것입니다(법인세법 제44조의3 제2항, 제45조 제4항, 법인세법 시행령 제80조의4 제2항, 제81조 제3항, 조세특례제한법 제26조, 제144조, 조세특례제한법 시행령 제23조, 제136조의2).